El clima desértico de Agafay es todo un contraste.
El clima predominante en Agafay se denomina clima estepario local.
Llueve poco durante todo el año. Febrero es el mes más lluvioso, con una media de 42 milímetros.
El mes más cálido es agosto, con una media de 28 °C.
La temperatura puede subir hasta 37 grados Celsius o 99 grados Fahrenheit. Si vas durante ese periodo, puede que sudes por manchas que no sabías que tenías.
En enero, puede hacer hasta 4 grados Celsius o 39 grados Fahrenheit por la noche. Si quieres pasar la noche allí, lleva tu abrigo más grueso y cálido.